ב־1992, כשדיסני הוציאה את ״אלאדין״, מחו אמריקאים ממוצא ערבי על כך שכמה מאפיוני הדמויות ומילות השירים מציגים לכאורה את תרבויות המזרח התיכון ואת עמי האזור כפראיים. ג׳פרי קצנברג מתעקש שהחוויה הזאת לא הייתה הסיבה הישירה למאמצים חסרי התקדים שהושקעו ב״נסיך מצרים״ כדי לתת מקום לאמונותיהן השונות של הקהילות הדתיות המוקירות את משה.
בראש מאמץ הייעוץ התאולוגי עמדה צביה שוורץ־גצוג, שהגיעה ל״נסיך״ מן הליגה נגד השמצה. יהודים ונוצרים, נזכרה שוורץ־גצוג בשיחה עם ״ריפורט״ מחופשה בהוואי לאחר סיום ההפקה, ״הסכימו שטוב לספר את הסיפור הזה — ובדרך נאמנה ככל האפשר.״
״אני זוכרת שיחת טלפון מרב של בית כנסת קטן בקנדה. כל ילד בבית הכנסת הזה לומד בבית ספר ציבורי, שבו הוא הילד היהודי היחיד. הוא אמר שהוא כבר לא יכול לחכות שהילדים יראו את הסרט, יחזרו לבית הספר וירגישו גאווה בכך שכל שאר הילדים יראו את המורשת ואת הסיפור הייחודיים שלהם הופכים לחלק מן הזרם המרכזי.״
הנוצרים, נזכרה שוורץ־גצוג, התמקדו כמעט אך ורק בצורך להציג ערכים מן המקרא בסרטים. ואילו חברי הקהילה המוסלמית בארצות הברית ואמריקאים ממוצא ערבי חששו שהסרט ייתפס כמסר על הציונות המודרנית, ויצטמצם לעימות בין רעים ערבים לטובים יהודים. האסלאם, הם הסבירו, רואה במשה נביא, בין היתר מפני שביקש לשחרר את כל העמים שדוכאו בידי פרעה שראה את עצמו כאל.
לא חסרו ויכוחים בין מנהיגי הדת, אפילו בתוך קהילותיהם, וכולם סיפקו שפע הוראות עשה ואל תעשה. אף שהבמאי השותף סיימון ולס אומר שבתחילה חשש מן ההתייעצויות, לבסוף למד להעריך אותן ואף ליהנות מהן.
באחד השלבים בהפקה, למשל, שקלו יוצרי הסרט להחליף את העבד שמשה מציל באחותו מרים. ואולם כמה רבנים התעקשו שחירות יצירתית כזאת תהיה טעות, לא רק מפני שהיא מנוגדת למקור המקראי, אלא גם משום שהיא סותרת את ההיגיון שמאחורי מניעיו של משה. כל אדם, טענו, יגן על קרוב משפחה. אבל הגנה על זר — ומנקודת מבטו של משה כנסיך הממלכה, על עבד פשוט — חייבה אותו לפתח תחושה של מקומו בעולם. העבודה על הקטע כבר החלה, אך הוא נגנז. בעיה נוספת הייתה מציאת הקול המתאים לאלוהים. הגוון העמוק והרועם של ג׳יימס ארל ג׳ונס נראה צפוי וקלישאתי. מישהו, אומר ולס, העלה את הרעיון להשתמש בטכנולוגיה דיגיטלית כדי למזג את קולות כל האנשים שמשה למד להכיר ולאהוב. התוצאה הייתה עוצמתית ונעימה לאוזן, אבל כמה יועצים יהודים העירו כי ״למעשה, מה שיש לכם כאן הוא פנתאון, דבר שאפיין את המצרים והעברים רצו להימנע ממנו״. בסופו של דבר, אמר ולס, החליטו יוצרי הסרט שוואל קילמר, המדבב את משה, יעניק גם את קולו לאלוהים, אם כי בגוון ובהטעמה אחרים. ״יש מדרשים״, הוא מסביר, ״האומרים שמשה שמע את קול אביו, עמרם. ובכן, עמרם לא היה דמות בסיפור שלנו. אבל אם אלוהים עומד לדבר אליך, הוא מדבר אליך בלבך ובקולך ובדרכים שאתה יכול להבין.״